آنالیز غنی‌سازی مجموعه ژنی داده‌های اومیکس اگزوزوم مشتق از سلول‌های بنیادی مزانشیمی مغز استخوان در شرایط هیپوکسی: رویکردی مبتنی بر دانش

Gene Set Enrichment Analysis of Omics Data of BMMSCs-Derived Exosome in Hypoxia Conditions: A Knowledge-Based Approach


چاپ صفحه
پژوهان
صفحه نخست سامانه
نویسندگان
نویسندگان
اطلاعات تفضیلی
اطلاعات تفضیلی
دانلود مقاله
دانلود مقاله
دانشگاه علوم پزشکی تبریز
دانشگاه علوم پزشکی تبریز

نویسندگان: نرجس صدیقی , مهدی طالبی

عنوان کنگره / همایش: 21th Congress on Stem Cell Biology and Technology , , تهران ,

اطلاعات کلی مقاله
hide/show

نویسنده ثبت کننده مقاله نرجس صدیقی
مرحله جاری مقاله تایید نهایی
دانشکده/مرکز مربوطه کمیته تحقیقات دانشجویی
کد مقاله 88973
عنوان فارسی مقاله آنالیز غنی‌سازی مجموعه ژنی داده‌های اومیکس اگزوزوم مشتق از سلول‌های بنیادی مزانشیمی مغز استخوان در شرایط هیپوکسی: رویکردی مبتنی بر دانش
عنوان لاتین مقاله Gene Set Enrichment Analysis of Omics Data of BMMSCs-Derived Exosome in Hypoxia Conditions: A Knowledge-Based Approach
نوع ارائه پوستر
عنوان کنگره / همایش 21th Congress on Stem Cell Biology and Technology
نوع کنگره / همایش بین المللی
کشور محل برگزاری کنگره/ همایش
شهر محل برگزاری کنگره/ همایش تهران
سال انتشار/ ارائه شمسی 1404
سال انتشار/ارائه میلادی
تاریخ شمسی شروع و خاتمه کنگره/همایش 1404/06/12 الی 1404/06/14
آدرس لینک مقاله/ همایش در شبکه اینترنت
آدرس علمی (Affiliation) نویسنده متقاضی Student Research Committee, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran

نویسندگان
hide/show

نویسنده نفر چندم مقاله
نرجس صدیقیاول
مهدی طالبیدوم

اطلاعات تفضیلی
hide/show

عنوان متن
کلمات کلیدیBone Marrow, Mesenchymal Stem Cell, Extracellular Vesicles, Exosome, Hypoxia
خلاصه مقالهObjective: MSC-derived exosomes have therapeutic potential by delivering anti-tumor agents and regulatory RNAs. Hypoxia can mediate the tumor microenvironment and is involved in the metastasis and progression of tumor cells. Previous research has indicated that hypoxic conditions can provide a better condition for MSC-derived exosomes and aid in their therapeutic potential. This study analyzed GEO data to explore how hypoxia affects mRNA expression in BMMSC-exosomes. Materials and Methods: At first, GEO was used to examine the RNAseq data of BMMSC-derived exosomes in hypoxia and normoxia conditions to identify all DEGs linked with hypoxia conditions. Thereafter, based on significant genes(p-value ≤ 0.05), a Protein-protein interaction(PPI) network was constructed with STRING at the Cytoscape software for identifying hub genes. Ultimately, enrichment analysis, including Gene Ontology(GO), was used to explore the related biological processes, molecular functions, cellular components, and KEGG pathway analysis for DEGs. Results: From 15990 genes obtained from GEO-RNAseq for MSC-derived exosome contents in hypoxic conditions rather than normoxic, 967 DEGs were identified, of which 589 genes were up-regulated, and 338 were down-regulated. According to PPI networks, we identified 767 nodes, based on their degree and interaction; 185 of them have more than 10 interactions and node-degree, including CDCA8, PLK1, CCNB1, AURKA, CDC20, BIRC5, BUB1B, FEN1, and TRIM28. Furthermore, the enrichment analysis showed DEGs have the strongest significance in the Assembly of Checkpoint Signaling, Cell cycle, Golgi and mitochondria cellular components, VEGF, Pentose phosphate, FoxO and P53 signalling pathways, and so on. Conclusion: Our study identified DEGs, hub genes, and key signalling pathways that may be involved in hypoxic conditions. These findings contribute to a better understanding of cellular survival mechanisms under hypoxia and may aid in identifying potential prognostic and diagnostic biomarkers. Further investigations are warranted to explore the effects of these exosomes on cancer cell lines.

لینک دانلود مقاله
hide/show

نام فایل تاریخ درج فایل اندازه فایل دانلود
AbstractBook.pdf1404/08/22270238دانلود
New Microsoft Word Document.pdf1404/10/06162079دانلود