بررسی شبکه ceRNA circRNA-miRNA-mRNA به عنوان نشانگرهای زیستی برای بیماری آلزایمر
Analysis of circRNA-miRNA-mRNA ceRNA Network as Biomarkers for Alzheimer`s disease
مجریان: بابک سکوتی
خلاصه روش اجرا: تشخیص زود هنگام بیماری یکی از چالش های مهم در زمینه پزشکی می باشد. لذا پیدا کردن نشانگرهای زیستی در تشخیص زود هنگام بیماری ، شانس بقاء بیمار را افزایش می دهد، چرا که با تشخیص و درمان به موقع بیماری می توان جلوی رشد آن را گرفت. روش های مختلفی برای کشف نشانگرهای زیستی وجود دارد. در این کار ما روشی را برای شناسایی مسیرهای زمینهای آلزایمر بر اساس بیومارکرهای ژنی و شبکه CeRNA ارائه کردیم. این مطالعه با جمع آوری داده های بیان ژنی در بیماری آلزایمر آغاز شد و تنها ژنهایی که پیوندهای قوی با نشانگرهای زیستی دارند و از طریق PPIهای قابل اعتماد به هم متصل هستند، درگیر شدند. پس از ساخت یک شبکه PPI که منحصراً به آلزایمر مرتبط است، خوشه آماری معنیدار شناسایی خواهد شد. بر اساس این خوشهها، ما مسیر پیامرسانی مهم را شناسایی می کنیم. سپس به بررسی ارتباط بین نشانگرهای زیستی و شبکه تنظیمی را بررسی خواهیم کرد و در نهایت شبکه CeRNA ساخته خواهد شد.هدف از این طرح شناسایی ارتباط شبکه ای ژنی با استفاده از داده های بیان آنها می باشد که از این داده ها می توان در تشخیص و درمان و عود مجدد بیماری استفاده کرد.
اطلاعات کلی طرح 
| مرحله جاری طرح | خاتمه قرارداد و اجرا |
| کد طرح | 71466 |
| عنوان فارسی طرح | بررسی شبکه ceRNA circRNA-miRNA-mRNA به عنوان نشانگرهای زیستی برای بیماری آلزایمر |
| عنوان لاتین طرح | Analysis of circRNA-miRNA-mRNA ceRNA Network as Biomarkers for Alzheimer`s disease |
| نوع طرح | گرنت پژوهشی |
| اولویت طرح | انفورماتیک زیستی (bioinformatics) و زیست شناسی سامانه ای (systems biology) |
| نوع مطالعه | مطالعات علوم پایه (Experimental) |
| تحقیق در نظام سلامت | بلی |
| آیا طرح پایاننامه دانشجویی است؟ | خير |
| مقطع پایان نامه | |
| مدت اجرا - ماه | 36 |
| نوآوری و ضرورت انجام تحقیق | 1. شناسایی نشانگرهای زیستی بالقوه و ارتباط آن ها 2. شناسایی شبکه پروتئین- پروتئین (ماژول ژنی)مرتبط با بیماری 3. تشخیص زود هنگام بیماری 4. بررسی مسیرهای بیولوژیکی و متابولیکی درگیر در این بیماری 5. بررسی شبکه CeRNA |
| اهداف اختصاصی | شناسایی نشانگرهای زیستی ژنی (ماژول ژنی) -بررسی مسیرهای بیولوژیکی درگیر در این بیماری -بررسی شبکه miRNA ,lncRNA, circRNA و ارتباط با نشانگر های زیستی |
| چکیده انگلیسی طرح | Early diagnosis of the disease is one of the most critical challenges in medicine. Therefore, finding biomarkers in the early diagnosis of the disease increases the patient's chance of survival because its growth can be stopped with timely diagnosis and treatment. There are different methods to discover biomarkers. This work presented a process to identify underlying Alzheimer's pathways based on gene biomarkers and the CeRNA network. The study started by collecting gene expression data in Alzheimer's disease, and only genes with strong associations with biomarkers connected through reliable PPIs were involved. After constructing a PPI network that is exclusively related to Alzheimer's, a statistically significant cluster will be identified. Based on these clusters, we recognize the essential messaging pathway. Then we will investigate the relationship between the biomarkers and the regulatory network, and finally, the CeRNA network will be built. And treatment and recurrence of the disease used. |
| کلمات کلیدی | نشانگر زیستی: نشانگرهای زیستی می تواند هر پدیده زیستی مثل ژن ، پروتئین و .. باشد که برای تشخیص یک حالت بیمار مورد استفاده قرار می گیرد. ماژول ژنی: مجموعه ای از نشانگرهای زیستی که در شبکه پروتئین – پروتئین با هم ارتباط بالایی دارند. پیش پردازش محاسباتی: به سلسله مراحل محاسباتی و آماری گفته میشود که به منظور حذف داده های غیر ضروری بر اساس پارامترهای تعریف شده انجام میشود. شبکه ceRNA : شبکه های رقابتی RNA درون زا (ceRNA) مکانیسم جدیدی از برهمکنش بین RNA ها را نشان داده اند و نقش مهمی در فرآیندهای بیولوژیکی متعدد و توسعه نئوپلاسم ها ایفا می کنند. آنها ممکن است به عنوان نشانگرهای تشخیصی و پیش آگهی و همچنین اهداف درمانی عمل کنند. |
| ذینفعان نتایج طرح |
اطلاعات مجری و همکاران
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح |
|---|---|
| بابک سکوتی | مجری اول (اصلی-هیات علمی) |
اطلاعات تفضیلی
| حوزه خبر | خبر |
|---|---|
| رسانه ها و مردم | عنوان خبر متن خبر |
| متخصصان و پژوهشگران | عنوان خبر ۸ ژن کلیدی و چندین RNA غیرکدکننده به عنوان بیومارکرهای جدید برای تشخیص و درمان آلزایمر شناسایی شدند.متن خبر این پژوهش با استفاده از یک رویکرد زیستشناسی سامانهای، دادههای بیان ژن و miRNA مربوط به بیماران آلزایمر و افراد سالم را از پایگاه GEO استخراج و تحلیل کرد. با شناسایی ژنهای differentially expressed (DEGs) و انجام آنالیزهای غنیسازی GO و KEGG، شبکههای تعامل پروتئین-پروتئین و ceRNA ساخته شد. در نهایت، ۸ mRNA (شامل CDC25C، BIRC5، ESR1، JUN، LAMA3، LAMA4، ITGA8، IL2)، ۷ miRNA، ۴ circRNA و ۷ lnRNA به عنوان گرههای کلیدی و بیومارکرهای بالقوه برای تشخیص و درمان آلزایمر شناسایی شدند. این بیومارکرها در pathways مهمی مانند چرخه سلولی، تکثیر DNA و تعاملات ECM-رسپتور نقش دارند. نتایج با مدلسازی محاسباتی و تحقیقات موجود تأیید شدند. |
| سیاستگذاران درمانی | عنوان خبر متن خبر |
| سیاستگذاران پژوهشی | عنوان خبر متن خبر |
| لینک (URL) مقاله انگلیسی مرتبط منتشر شده 1 |
