مطالعهی درون رایانهای (in-silico) بر روی میکروRNAهای HSV1 در توسعهی گلیوبلاستومای مولتیفرم
In-silico study on the HSV1 microRNAs in the development of glioblastoma multiforme
مجریان: بهزاد برادران
خلاصه روش اجرا: We will thoroughly analyze glioblastoma multiform (GBM) samples from the GSE158284 and GSE13276 datasets using R. After predicting the targets of oncogenic and tumor-suppressive HSV1 miRs in GBM, we will use the Seurat package via leveraging artificial intelligence. We will use the TCGA data to externally validate the upregulated and downregulated genes.
اطلاعات کلی طرح 
| مرحله جاری طرح | خاتمه قرارداد و اجرا |
| کد طرح | 70952 |
| عنوان فارسی طرح | مطالعهی درون رایانهای (in-silico) بر روی میکروRNAهای HSV1 در توسعهی گلیوبلاستومای مولتیفرم |
| عنوان لاتین طرح | In-silico study on the HSV1 microRNAs in the development of glioblastoma multiforme |
| نوع طرح | طرح تحقیقاتی |
| اولویت طرح | ایمونوتراپی بیماریهای شایع با استفاده از ژن درمانی |
| نوع مطالعه | مطالعه توصیفی مقطعی |
| تحقیق در نظام سلامت | خیر |
| آیا طرح پایاننامه دانشجویی است؟ | خير |
| مقطع پایان نامه | |
| مدت اجرا - ماه | 24 |
| نوآوری و ضرورت انجام تحقیق | GBM is an aggressive brain tumor with an inferior prognosis. Growing evidence has shed light on the significance of microRNA (miR) in regulating the expression of various genes in human conditions. However, there is no investigation studying the significance of HSV1-encoding miRs in GBM development. |
| اهداف اختصاصی | 1- hsv1-miR-H6-3p might be upregulated in GBM tissues and might target the expression of specific downregulated genes in GBM tissues. -2- hsv1-miR-H1-5p might be downregulated in GBM tissues and its absence might lead to the upregulation of specific genes that might not be upregulated in non-tumoral brain tissues. -3- A gene, targeted by hsv1-miR-H1-5p, might have prognostic values in terms of determining the progression-free interval of primary GBM patients. -4- The genes targeted by hsv1-miR-H1-5p might be upregulated in astrocytes of the GBM microenvironment. |
| چکیده انگلیسی طرح | The current study will investigate whether HSV1 miRs are involved in GBM development or not and, if they are involved, how they mediate their potential oncogenic or tumor-suppressive effect on GBM development. For this purpose, we will perform a deep in-silico study, do single-cell RNA sequencing analyses, and leverage the TCGA database to identify the possible trace of HSV1 miRs in GBM development. |
| کلمات کلیدی | Glioblastoma multiforme یکی از تومرهای بسیار مهاجم و بدخیم اولیه مغز MicroRNA مولکول کوچک RNA ای غیر کد کننده HSV1 یک نوع ویروس بیماریزای انسانی |
| ذینفعان نتایج طرح |
اطلاعات مجری و همکاران
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح |
|---|---|
| بهزاد برادران | مجری اول (اصلی-هیات علمی) |
| مهدی عبدلی شادباد | مجری دانشجویی(کمیته تحقیقات دانشجویی) |
اطلاعات تفضیلی
| حوزه خبر | خبر |
|---|---|
| رسانه ها و مردم | عنوان خبر متن خبر |
| متخصصان و پژوهشگران | عنوان خبر میکرو آر آن های ویروس هرپس نوع یک در ایجاد تومور گلیوبلاستوما میتوانند نقش داشته باشد.متن خبر در این مطالعه از رویکردهای بیوانفورماتیک برای شناسایی اثر بالقوه miRs HSV1 در ایجاد گلیوبلاستوما استفاده شد. مجموعه داده های GSE158284، GSE153679، و GSE182109 برای شناسایی ژن های بیان شده متفاوت در بافت ها و رده های سلولی گلیوبلاستوما با استفاده از بسته limma در نرم افزار R تجزیه و تحلیل شدند. مجموعه داده GSE182109 برای تعیین بیان ژن در سطوح تک سلولی با استفاده از بسته Seurat در نرم افزار R مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. تجزیه و تحلیلهای TCGA-GTEX، GDSC، CTRP، ایمونوژنتیک و غنیسازی برای مطالعه تأثیر اهداف ویروسی HSV1 miRs در ایجاد گلیوبلاستوما انجام شد. hsv1-miR-H6-3p در GBM می تواند مسئول کاهش EPB41L1 و SH3PXD2A در بافت های GBM باشد. همچنین، hsv1-miR-H1-5p در GBM می تواند بیان MELK، FZD2، NOVA1، TMEM97، PTPRZ1 و PDGFC را در ایجاد گلیوبلاستوما کنترل دهد. تجزیه و تحلیل توالی RNA تک سلولی نشان داده است که MELK، FZD2، NOVA1، TMEM97، PTPRZ1، و PDGFC در آستروسیتهای ساکن در ریزمحیط گلیوبلاستوما بیان میشوند. |
| سیاستگذاران درمانی | عنوان خبر متن خبر |
| سیاستگذاران پژوهشی | عنوان خبر متن خبر |
| لینک (URL) مقاله انگلیسی مرتبط منتشر شده 1 |
