ارزیابی پروفایل بیان ژنی مردان نازا ، متا آنالیز داده های ریزآرایه
Evaluating genomic expression profile of infertile men, microarray data meta-analysis
مجریان: سیما منصوری درخشان
خلاصه روش اجرا: ابتدا داده های خام و پیش پردازش شده ریز آرایه با توان عملیاتی بالا (High throughput microarray) از پایگاه NCBI.GEO دانلود می گردد. سپس با استفاده از زبان برنامه نویسی R (پکیج های LIMMA, SVAو GGPLOT2)، ژن هایی که بین اسپرم مردان نازا و سالم اختلاف بیان معنی دار نشان دهد، جدا خواهند شد. سپس با استفاده از نرم افزار های تحت وب ، ژن های کاندید و مسیر های مهم سیگنالینگ که می توانند در بروز نازایی نقش داشته باشند، تعیین خواهند شد.
اطلاعات کلی طرح 
| مرحله جاری طرح | خاتمه قرارداد و اجرا |
| کد طرح | 70804 |
| عنوان فارسی طرح | ارزیابی پروفایل بیان ژنی مردان نازا ، متا آنالیز داده های ریزآرایه |
| عنوان لاتین طرح | Evaluating genomic expression profile of infertile men, microarray data meta-analysis |
| نوع طرح | طرح تحقیقاتی |
| اولویت طرح | کاهش ناتوانی و عوارض اختلالات باروری و درمان ناباروری |
| نوع مطالعه | بررسی مقطعی ( Cross Sectional) |
| تحقیق در نظام سلامت | بلی |
| آیا طرح پایاننامه دانشجویی است؟ | خير |
| مقطع پایان نامه | |
| مدت اجرا - ماه | 7 |
| نوآوری و ضرورت انجام تحقیق | امروزه موارد بسیاری از IVF زوجین نابارور با شکست روبرو میشود. از عوامل موثر در شکست IVF میتوان به فاکتور های محیطی، اپی ژنتیکی و ژنتیکی اشاره کرد. در این بین فاکتور های ژنتیکی هر یک از زوجین میتواند باعث اختلال در فراینذ لقاح شود. از طرفی اغلب موارد شکست IVF را اختلالات اسپرم تشکیل میدهند. لذا بررسی پروفایل ژنتیکی اسپرم این امکان را فراهم میکند که پیش از فرآیند IVF بتوان توانایی باروری اسپرم را مورد مطالعه قرار داد. همچنین با شناسایی ژن های با بیان تغییر یافته و مسیر های سلولی درگیر در افراد نازا، میتوان اهداف درمانی جدید را پیشنهاد کرد. |
| اهداف اختصاصی | تعیین پروفایل بیان ژنی مردان نازا -تعیین پروفایل ژنی مردان سالم -مقایسه پروفایل ژنی بین مردان نازا و مردان سالم و تعیین ژن های موثر با بیان تغییر یافته در نازایی |
| چکیده انگلیسی طرح | IVF is one of the most complex and multistep techniques for fertilization. Even though IVF has helped many couples, a noticeable number of IVFs still fail. This failure may be due to genetic and epigenetic alterations in oocytes and sperms. Chromosomal abnormalities in sperm consist 7% of male infertility. Furthermore, single gene defects like mutation and microdeletions in DAZ family can directly disable reproduction system. Infertility may also occur as a result of mutation in CFTR, which is the main cause of cystic fibrosis. In recent years, many differentially expressed genes(DEGs) in infertility are introduced. Using microarray analysis may assist evaluating whole transcriptome simultaneously. We attend to use NCBI.GEO to access microarray data of fertile and infertile men to find DEGs. In addition, functional and biological processes will be assessed by further enrichment to detect most prominent pathways and potential therapeutic targets. |
| کلمات کلیدی | IVF (in vitro fertilization) : یکی از روش های کمک به باروری است که در آن لقاح در شرایط آزمایشگاهی صورت گرفته و سپس زیگوت به بدن مادر منتقل میشود. Microarray : تکنیکی است که در آن بیان چندین هزار ژن به صورت همزمان بررسی میشود. NGS: تکنیک توالی بابی نسل جدید که میتواند توالی کل ژنوم یک موجود را ارائه میکند . TWAS : تکنیکی جدید که بر پایه ارتباط رونوشت و ژنوم فعالیت میکند. داده های high-throughput : داده هایی با حجم بالا که توسط مجموعه علوم اومیکس مانند ژنومیکس ، پروتئومیکس و ... با دقت و سرعت بالا تهیه میشوند. استفاده از این داده ها عصر جدیدی در گسترش علوم را رقم زده است. اپی ژنتیک : اپیژنتیک اصولاً مطالعه عوامل خارجی یا محیطی است که باعث روشن یا خاموش شدن ژنها میشود و بر روی چگونگی خواندهشدن ژنها اثر میگذارد. رونوشت(ترنسکریپتوم) : علمی که به بررسی تمامی RNA های ساخته شده در سلول میپردازد. Enrichment: بررسی رابطه ژن های مورد نظر در مسیر های سلولی مختلف و تعیین نقش آن ها جواني جمعيت - ناباروري |
| ذینفعان نتایج طرح | خانواده های مبتلا به نازایی جامعه: آشنایی بیشتر با مکانیسم نازایی و معرفی اهداف درمانی جدید سیستم درمان: معرفی پروفایل بیانی به منظور ارزشیابی اسپرم پیش از انجام IVF |
اطلاعات مجری و همکاران
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح |
|---|---|
| امیر ابراهیمی | مجری دانشجویی(کمیته تحقیقات دانشجویی) |
| داوود قوی درآباد | همکار اصلی |
| زهره میرزائی | همکار اصلی |
| طاهره براتی | همکار اصلی |
| سیما منصوری درخشان | مجری اول (اصلی-هیات علمی) |
اطلاعات تفضیلی
| حوزه خبر | خبر |
|---|---|
| رسانه ها و مردم | عنوان خبر متن خبر |
| متخصصان و پژوهشگران | عنوان خبر ژن های با بیان تغییر یافته بدست آمده از متاآنالیز داده های ریز آرایه میتوانند به عنوان بیومارکر تشخیصی نازایی کاربرد داشته باشند.متن خبر در سال های اخیر با گسترش شیوع نازایی در جوامع مختلف، تشخیص به موقع و دقیق این وضعیت اهمیت بالایی یافته است. با توجه به نقش غیرقابل انکار ژنتیک در بروز این بیماری، توجه به تغییرات ژنتیکی اتفاق افتاده در این بیماری میتواند مکانیسم های منجر به آن را شناسایی کرده و همچنین در پیشنهاد مولکول های تشخیصی مفید باشند. در این راستا، مطالعه کنونی با متاآنالیز داده های ریزآرایه موجود در پایگاه داده ای GEO، شش ژن را که در اسپرم مردان نازا کاهش بیان معنی دار داشتند شناسایی کرده و کاربرد آن ها را به عنوان بیوماکر تشخیصی مورد مطالعه قرار داده است. طبق نتایج بدست آمده، این ژن ها میتوانند در افتراق مردان نازا از مردان سالم موفق عمل کنند. شایان ذکر است ژن های مذکور درجه بالایی از هم بیانی را در بافت اسپرم مردان نازا از خود نشان دادند. علاوه بر آن، نقش این ژن ها با آنالیز های غنی سازی مورد بررسی قرار گرفت که نقش این ژن ها در برخی از مکانیسم های مهم سلولی مانند تنظیم متابولسم فروکتوز به عنوان سوخت اصلی اسپرم را مشخص کرد. |
| سیاستگذاران درمانی | عنوان خبر متن خبر |
| سیاستگذاران پژوهشی | عنوان خبر متن خبر |
| لینک (URL) مقاله انگلیسی مرتبط منتشر شده 1 |
