کلون و بیان اپی توپ های خطی پروتیین N ویروس Covid-19 در باکتری اشرشیا کلای و ارزیابی واکنش ان با سرم بیماران مبتلا به کرونا
Cloning and expression of linear epitopes of Covid-19 virus N protein in Escherichia coli and evaluation of its reactivity with sera from patients with Covid-19 infection
مجریان: صفر فرج نیا
خلاصه روش اجرا: COVID-19 یک بیماری تنفسی ویروسی است که توسط یک کروناویروس جدید به نام SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus-2) ایجاد گشته و پاندمیک شده است . SARS-CoV-2 هفتمین کروناویروس و متعلق به جنس بتاکروناویروسها و عضو خانواده کروناویریده میباشد . این ویروس غالباً از طریق قطرات هوابرد منتقل شده و به سرعت از طریق تماس فرد به فرد در جمعیت انسانی گسترش مییابد . از زمان ظهور این بیماری همهگیر تاکنون آمار مبتلایان و مرگ و میر به طور چشمگیری افزایش یافته است و به یک معضل اساسی در بهداشت عمومی تبدیل شده است . تاکنون هیچ دارویی برای درمان این بیماری یافت نشده است ، بنابراین توسعه روشهای تشخیص و درمانهای بالقوه علیه این ویروس بسیار حائز اهمیت است . کرونا ویروس یک ویروس پوششدار و RNA دار تک رشته ای است (positive -sense) . نظیر سایر بتا کروناویروس ها ژنوم SARS-COV-2 یک پلی پروتیین بلند در انتهای 5 ORF1abدارد که به دنبال ان 4 پروتیین ساختاری کد میکند که شامل S(Spike) N (nucleocapsid) E(Envelop) M(membrane) هستند . N پروتیین در ساختار کرونا ویروس یک پروتیین کدشونده توسط نهمین ORF ژنوم SARS-COV می باشد که در ساخت RNA ویروس و و خودمونتاژی ویروسی ( Viral self-assembly ) ایفای نقش میکند. به دلیل پاندمی ایجاد شده و آمار بالای مرگ و میر که به یک معضل جهانی تبدیل شناسایی آنتی ژنهایی که می توانند در تشخیص این ویروس و همچنین سویه های موتانت مورد استفاده قرارگیرند از اهمیت بالایی برخور دار بوده است. هدف کلی این تحقیق کلون و بیان اپی توپ های خطی پروتیین N در باکتری اشرشیا کلای و ارزیابی واکنش آن با سرم بیماران مبتلا به عفونت Covid-19 می باشد در این مطالعه در ابتدا پس از شناسایی ناحیه حاوی اپی توپ های خطی پروتیین Nویروس SARS-COV2 ژن مربوطه تکثیر و پس از کلون در باکتری E.coli بیان و تخلیص خواهد شد سپس واکنش آن با سرم بیماران مبتلا به عفونت Covid-19 مورد بررسی قرار خواهد گرفت
اطلاعات کلی طرح 
| مرحله جاری طرح | خاتمه قرارداد و اجرا |
| کد طرح | 69285 |
| عنوان فارسی طرح | کلون و بیان اپی توپ های خطی پروتیین N ویروس Covid-19 در باکتری اشرشیا کلای و ارزیابی واکنش ان با سرم بیماران مبتلا به کرونا |
| عنوان لاتین طرح | Cloning and expression of linear epitopes of Covid-19 virus N protein in Escherichia coli and evaluation of its reactivity with sera from patients with Covid-19 infection |
| نوع طرح | گرنت پژوهشی |
| اولویت طرح | تولید آنتی بادیهای منوکلونال و پروتئینهای نوترکیب (جنبههای تولیدی و پروتکل درمانی) و واکسن |
| نوع مطالعه | مطالعات علوم پایه (Experimental) |
| تحقیق در نظام سلامت | خیر |
| آیا طرح پایاننامه دانشجویی است؟ | خير |
| مقطع پایان نامه | |
| مدت اجرا - ماه | 18 |
| نوآوری و ضرورت انجام تحقیق | پاندمی Covid-19 تبدیل به یک همه گیری خطرناک با میزان مرگ و میر بالا گردیده است لذا تشخیص بموقع و دقیق بیماری یکی از ضرورتهای مقابله با این ویروس می باشد در تحقیق حاضر اپی توپهای خطی پروتئین N ویروس کلون ببیان و تخلیص گردیده و واکنش پروتئین آن با سرم بیماران مورد بررسی قرارخواهد گرفت و در صورت موفقیت آمیز بودن می تواند در طراحی تستهای تشخیصی مورد استفاده قرار گیرد. |
| اهداف اختصاصی | کلون و بیان اپی توپ های خطی پروتئین N در E .coli -تخلیص اپی توپ رکامبینانت تولید شده و ارزیابی واکنش آن با سرم بیماران مبتلا به کوید-19 |
| چکیده انگلیسی طرح | COVID-19 is a pandemic viral respiratory disease caused and by a new coronavirus called SARS-CoV-2 (severe acute respiratory syndrome coronavirus-2). SARS-CoV-2 is the seventh coronavirus and belongs to the genus Beta-coronaviruses and is a member of the coronavirus family. The virus is often transmitted through airborne droplets and spreads rapidly through person-to-person contact in the human population. Since the outbreak of the epidemic, the incidence of morbidity and mortality has increased dramatically and has become a major public health problem. No cure has been found for the disease so far, so it is important to develop diagnostic methods and potential treatments for the virus. Corona virus is a positive-sense enveloped RNA virus. Like other beta-coronaviruses, the SARS-COV-2 genome has a long polyprotein at the 5’ end of ORF1ab, followed by four structural proteins encoding S (Spike) N (nucleocapsid) E (Envelop) M (membrane). N protein in the structure of coronavirus is a protein encoded by the ninth ORF of the SARS-COV genome, which is involved in the production of viral RNA and viral self-assembly. Due to the pandemic created and the high mortality rate that has made it a global problem, the identification of antigens that can be used in the diagnosis of this virus as well as mutant strains has been of great importance. The overall purpose of this study was to clone and express linear epitopes of protein N in Escherichia coli and evaluate its reactivity to the serum of patients with Covid-19 infection. The linear epitopes of COV2 N gene is amplified and after cloning in E. coli will be expressed and purified. Its reaction with the serum of patients with Covid-19 infection will then be examined. |
| کلمات کلیدی | SARS-COV2 - N Protein ELISA |
| ذینفعان نتایج طرح | دانشگاه ها و مراکز تحقیقاتی و مراکز تشخیصی |
اطلاعات مجری و همکاران
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح |
|---|---|
| صفر فرج نیا | مجری اول (اصلی-هیات علمی) |
| سحر فرج نیا | همکار اصلی |
| نسیم بختیاری | همکار اصلی |
اطلاعات تفضیلی
| حوزه خبر | خبر |
|---|---|
| رسانه ها و مردم | عنوان خبر متن خبر |
| متخصصان و پژوهشگران | عنوان خبر کارایی پروتئین سطحی N ویروس کوید19 جهت تشخیص سرولوژیک عفونت کوید 19 بررسی شد.متن خبر علیرغم تلاشها برای مهار شیوع کووید-۱۹، این ویروس همچنان در گردش است و خطر قابل توجهی را برای جمعیتهای سراسر جهان ایجاد میکند. از این رو، تشخیص سریع و زودهنگام این عفونت برای کنترل مؤثر بیماری ضروری است. پروتئین نوکلئوکپسید (N) ویروس به عنوان هدف اصلی برای پاسخ آنتیبادی در طول عفونتهای کووید-۱۹ عمل میکند و آن را به یک کاندیدای بالقوه برای تشخیص کووید-۱۹ تبدیل میکند. هدف این مطالعه تهیه و ارزیابی اپیتوپهای خطی پروتئین N برای تشخیص سرولوژیکی عفونت کووید-۱۹ است.
روشها: اپیتوپ خطی ژن پروتئین N با استفاده از ABCpred، BCpred و IEDB شناسایی شد. این اپیتوپها متعاقباً توسط RT-PCR تکثیر، کلون و به شکل محلول در سویه E. coli BL21 بیان شدند. پروتئین نوترکیب با استفاده از ستون Ni-NTA خالصسازی شد. واکنشپذیری پروتئین N خالصسازی شده با سرم بیماران SARS-CoV-2 با استفاده از روش ELISA بررسی شد.
نتایج: آنالیز توالییابی، کلونینگ موفقیتآمیز اپیتوپهای خطی پروتئین N را در وکتور PET-28a، همراه با ادغام His-tag در انتهای n نشان داد. پروتئین نوترکیب در E. coli BL21 تولید و با ستون Ni-NTA خالصسازی شد. آنالیز نشان داد که اپیتوپهای خطی پروتئین N به صورت محلول بیان شده و به صورت یک باند 50 کیل |
| سیاستگذاران درمانی | عنوان خبر متن خبر |
| سیاستگذاران پژوهشی | عنوان خبر متن خبر |
| لینک (URL) مقاله انگلیسی مرتبط منتشر شده 1 |
