کلون و بیان دمین N-ترمینال (NTD) گلیکوپروتئین اسپایک ویروس SARS-CoV-2 و ارزیابی واکنش آن با سرم بیماران مبتلا به کوید-19
The Cloning and Expression of the N-terminal (NTD) of SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein and Evaluation of its reaction with Sera from Covid-19 Patients
مجریان: صفر فرج نیا
خلاصه روش اجرا: با استفاده از کیت سنتز cDNA از روی RNA ویروس، cDNA سنتز گردیده و سپس ناحیه ی مورد نظر با PCR تکثیر و پس از برش با انزیمهای محدودالاثر قطعه مورد نظر در وکتور بیانی PET کلون کرده و با سکانسینگ تایید میگردد . این سازه سپس به میزبان بیانی E. coli ترانسفرم شده و پس از کشت و بیان ، محصول بیان شده با ستون کروماتوگرافی تمایلی خالص سازی میگردد. در مرحله آخر واکنش بین پروتئین تولیدی وسرم بیماران بواسطه تکنیک الایزا مورد بررسی قرار میگیرد.
اطلاعات کلی طرح 
| مرحله جاری طرح | خاتمه قرارداد و اجرا |
| کد طرح | 68941 |
| عنوان فارسی طرح | کلون و بیان دمین N-ترمینال (NTD) گلیکوپروتئین اسپایک ویروس SARS-CoV-2 و ارزیابی واکنش آن با سرم بیماران مبتلا به کوید-19 |
| عنوان لاتین طرح | The Cloning and Expression of the N-terminal (NTD) of SARS-CoV-2 Spike Glycoprotein and Evaluation of its reaction with Sera from Covid-19 Patients |
| نوع طرح | طرح - پایان نامه |
| اولویت طرح | غربالگری، اپیدمیولوژی، پیشگیری و مراقبت در بیماریهای نوپدید و بازپدید |
| نوع مطالعه | مطالعات علوم پایه (Experimental) |
| تحقیق در نظام سلامت | بلی |
| آیا طرح پایاننامه دانشجویی است؟ | بله |
| مقطع پایان نامه | کارشناسی ارشد |
| مدت اجرا - ماه | 12 |
| نوآوری و ضرورت انجام تحقیق | با توجه به جهش های ویروس SARS-CoV-2 و ظهور واریانتهای قابل توجه و نگران کننده و از طرفی کاهش قدرت کیت های تشخیصی بخاطر این دست جهش ها، نیاز به شناسایی اپی توپ های ایمونودومینانت جهت جبران کردن محدودیت های ناشی از جهش ها و ارتقا کیت های تشخیصی در تشخیص موثر افراد آلوده به ویروس می باشد. نوترکیب بودن این اپی توپ ها و ترکیب آن با سایر انتی ژن ها می تواند نواحی متنوع تری از پروتئینS SARS-CoV-2 پوشش دهند و اثر جهش های احتمالی ویروس را که منجر به عدم شناسایی با کیتهای رایج می شود را کاهش دهد. |
| اهداف اختصاصی | کلون کردن قطعه NTDژن گلیکوپروتئین S ویروس SARS-CoV-2 - بیان و تخلیص ژن NTD کلون شده -ارزیابی واکنش پروتئین نوترکیب بیان و تخلیص شده با سرم بیماران مبتلا به کوید-19 |
| چکیده انگلیسی طرح | The genome of SARS-CoV-2 will be extracted and converted to cDNA by cDNA synthesiskit, then the cDNA will be entered into PCR reaction using primers specific to N-terminal domain (NTD) region. The amplified NTD will be cloned into PET expression vector using restriction enzymes. this construct then will be transformed into E. coli expression host and induced by IPTG. The protein will be purified and its reactivity with the serum of covid-19 patients will be analyzed by ELISA technique. |
| کلمات کلیدی | 1)SARS-CoV-2: عامل COVID-19 یک عضو جدید از خانواده کروناویریده می باشد که ارتباط نزدیکی با کروناویروس عامل سندروم حاد شدید تنفسی (SARS-CoV ) و اخیرا توسط گروه مطالعه ی کروناویروس کمیته ی بین المللی تاکسونومی ویروس ها تحت عنوان SARS-CoV-2 خوانده شد. 2)Covid-19: به بیماری ناشی از SARS-CoV-2 گفته می شود. 3)NTD: ناحیه ی N-ترمینال پروتئین S ویروس SARS-CoV-2. 4)اپی توپ: قطعه ای از آنتی ژن است که توسط سیستم ایمنی شناسایی میشود و آنتی بادی به آن متصل می شود. 5)وکتور pET: وکتور pET یک وکتور قدرتمند و پرکاربرد برای بیان پروتئین های نوترکیب در E.coli است. ژن مورد نظر در وکتور pET تحت کنترل سیستم تنظیم کننده رونویسی و ترجمه باکتریوفاژ T7 کلون می شود. 6) باکتری E. coli سوش BL21: BL21 یک سویه E. coli است و فاقد lon protease می باشد. همچنین در غشای خارجی دارای کمبود پروتئاز OmpT می باشد. فقدان این دو پروتئاز کلیدی باعث کاهش تخریب پروتئین های هترولوگ بیان شده در سلول ها می شود. |
| ذینفعان نتایج طرح | مراکز تحقیقاتی دانشگاه های علوم پزشکی |
اطلاعات مجری و همکاران
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح |
|---|---|
| سجاد بهمن | دانشجوی مالک پایان نامه |
| صفر فرج نیا | استاد راهنمای اول (آموزشی ) |
| عفت علیزاده | مشاور |
اطلاعات تفضیلی
| حوزه خبر | خبر |
|---|---|
| رسانه ها و مردم | عنوان خبر متن خبر |
| متخصصان و پژوهشگران | عنوان خبر اپیتوپهای خطی جدید مشتقشده از دامنه N-ترمینال گلیکوپروتئین S ویروس SARS-CoV-2 می تواندبرای تشخیص عفونت کوید 19 مورد استفاده قرار گیردمتن خبر هدف از این مطالعه ارزیابی اثربخشی یک اپیتوپ خطی جدید از دامنه N-ترمینال (NTD) پروتئین S ویروس SARS-CoV-2 در تشخیص کووید-19 بود. برای این منظور، توالی اپیتوپ خطی NTD با روش RT-PCR تکثیر، در یک وکتور بیانی قرار داده شد و در باکتری Escherichia coli (DE3) pLysS تولید شد. متعاقباً، پروتئینهای نوترکیب خالصسازی و دوباره تاخورده شدند. برهمکنش بین پروتئین خالصسازی شده و آنتیبادیهای موجود در سرم بیماران کووید-19 با استفاده از ELISA ارزیابی شد. نتایج ELISA نشان داد که اپیتوپ خطی NTD حساسیت و ویژگی بالایی برای شناسایی عفونت ویروسی در نمونههای خون بیماران کووید-19 دارد. یافتههای این مطالعه نشان داد که اپیتوپهای خطی NTD پروتئین اسپایک SARS-CoV-2 میتواند برای تشخیص عفونت کووید-19 با استفاده ازروشهای تشخیص سرولوژیکی مورد بهره برداری قرار گیرد.. |
| سیاستگذاران درمانی | عنوان خبر متن خبر |
| سیاستگذاران پژوهشی | عنوان خبر متن خبر |
| لینک (URL) مقاله انگلیسی مرتبط منتشر شده 1 |
