شناسایی ترکیبات آنتاگونیستی علیه گیرنده هیستامین H3 با استفاده از استراتژی جایگزینی داروئی (Drug repurposing)
Identification of drug candidates against histamine H3 receptors using drug repurposing strategy
مجریان: مریم حمزه میوه رود , بابک سکوتی
خلاصه روش اجرا: ابتدا داده های مربوط به فعالیت آنتاگونیستی ترکیبات H3 از منابع مختلف جمع آوری خواهد شد. پس از جمع آوری داده های بیولوژیک، ساختمان مولکولی ترکیبات مذکور رسم و انرژی آنها برای محاسبات بعدی به حداقل رسانده خواهد شد. سپس انواع مختلف پارامترهای ساختمانی برای ترکیبات محاسبه خواهد شد. سپس با استفاده از روشهای PLS و Genetic algorithm پارامترهای مناسب برای آنالیز انتخاب خواهد شد و با استفاده از روش های خطی و غیر خطی بهترین پارامترهای ساختمانی که معنی دارترین روابط را با فعالیت آنتاگونیستی ترکیبات H3 را دارند انتخاب و مدلهای حاصله مورد بررسی و تفسیر قرار خواهند گرفت. بهترین مدل برای پیش بینی فعالیت آنتاگونیستی ترکیبات H3 انتخاب و ارائه خواهد گردید. از پایگاههای اطلاعاتی موجود، دارو های مورد تایید در بازار داروئی یا داروهای در فاز کلینیکال جمع آوری خواهد شد و فعالیت بیولوژیکی آنها در قالب اثرات آنتاگونیستی علیه گیرنده های H3 با استفاده از بهترین مدل QSAR ارائه شده پیش بینی خواهد شد. سپس داکینگ مولکولی ترکیبات بدست آمده بر روی جایگاه اتصال گیرنده H3 انجام خواهد شد و بر اساس تمایل اتصال به گیرنده هیستامین و یا سیستم امتیاز دهی نرم افزار، از بین آنها بهترین و مناسب ترین ترکیب یا ترکیبات انتخاب خواهد شد. متعاقبا با استفاده از روش های شبیه سازی دینامیک مولکولی، رفتار مولکولی ترکیب یا ترکیبات در جایگاه فعال گیرنده H3 درطول زمان بررسی شده و برهمکنش های مهم و کلیدی تعیین خواهد شد. سپس انرژی آزاد اتصال به گیرنده توسط روش های MMPB(GB)SA تعیین خواهد شد. بر اساس انرژی آزاد اتصال محاسبه شده بهترین ترکیبات بعنوان ترکیبات کاندید داروئی علیه گیرنده H3 معرفی خواهند شد.
اطلاعات کلی طرح 
| مرحله جاری طرح | خاتمه قرارداد و اجرا |
| کد طرح | 68529 |
| عنوان فارسی طرح | شناسایی ترکیبات آنتاگونیستی علیه گیرنده هیستامین H3 با استفاده از استراتژی جایگزینی داروئی (Drug repurposing) |
| عنوان لاتین طرح | Identification of drug candidates against histamine H3 receptors using drug repurposing strategy |
| نوع طرح | طرح - پایان نامه |
| اولویت طرح | انفورماتیک زیستی (bioinformatics) و زیست شناسی سامانه ای (systems biology) |
| نوع مطالعه | مطالعات علوم پایه (Experimental) |
| تحقیق در نظام سلامت | خیر |
| آیا طرح پایاننامه دانشجویی است؟ | بله |
| مقطع پایان نامه | کارشناسی ارشد |
| مدت اجرا - ماه | 18 |
| نوآوری و ضرورت انجام تحقیق | معرفی روش Drug repurposing جهت شناسایی ترکیبات شناسایی ترکیبات آنتاگونیستی علیه گیرنده هیستامین H3 |
| اهداف اختصاصی | ایجاد مدل QSAR از ترکیبات موجود بعنوان آنتاگونیستهای گیرنده H3 -پیش بینی فعالیت بیولوژیک دارو های مورد تایید در بازار داروئی یا داروهای در فاز کلینیکال با استفاده از مدل QSAR ایجاد شده -انجام داکینگ مولکولی و شبیه سازی دینامیک مولکولی برای انتخاب بهترین ترکیبات |
| چکیده انگلیسی طرح | First, antagonistic activities of H3 compounds will be collected from literature. The molecular structure of the collected compounds will be generated and energy minimized for further calculations. Different types of parameters for the compounds will be calculated. Then, by applying PLS and Genetic algorithm methods, the most significant parameters will be selected for analysis followed by developing the best model capable of predicting antagonistic activity of H3 compounds either by linear or nonlinear methods. In the next step, from the available database, the approved drugs in the pharmaceutical market or drugs in the different clinical phases will be collected and their antagonistic activity against H3 receptors will be predicted using the developed QSAR model. The selected compounds will be subjected to molecular docking analyses. Based on used scoring function and predicted affinity towards H3 receptor, the candidate molecules will be selected. Subsequently, the molecular behavior of the selected ligands in the binding site of H3 receptor will be investigated using molecular dynamics simulation studies. Finally, the binding free energy will be calculated on the snapshots extracted from MD simulation using MM-PB(GB)SA. Based on the calculated binding free energy, the best compounds will be introduced as drug candidate compounds against the H3 receptor. |
| کلمات کلیدی | Drug repurposing: استفاده مجدد از داروهای قدیمی و تحقیقاتی برای درمان بیماری ها Molecular dynamics simulation: استفاده از روش محاسباتی به منظور شبیه سازی دینامیک مولکولی رفتار ماکرومولکولها در طول زمان و پیش بینی ساختمان و ویژگیهای مولکولها و برهمکنش ما بین آنها Molecular docking: داکینگ (انطباق مولکولی): پیش بینی برهمکنش گیرنده با لیگند توسط روش های محاسباتی QSAR: همبستگی های کمی ساختمان- فعالیت |
| ذینفعان نتایج طرح |
اطلاعات مجری و همکاران
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح |
|---|---|
| مریم حمزه میوه رود | استاد راهنمای اول (آموزشی ) |
| بابک سکوتی | استاد راهنما دوم (آموزشی ) |
| عارفه ایوبی | دانشجوی مالک پایان نامه |
اطلاعات تفضیلی
| حوزه خبر | خبر |
|---|---|
| رسانه ها و مردم | عنوان خبر متن خبر |
| متخصصان و پژوهشگران | عنوان خبر ترکیبی از روشهای طراحی دارویی مبتنی بر لیگاند و ساختار برای استفاده مجدد داروهای مورد تایید FDA در برابر گیرندههای هیستامین H3 به کار گرفته شد.متن خبر روشهای طراحی دارویی مبتنی بر لیگاند و ساختار برای معرفی کاندیداهای جدید علیه گیرنده سوم هیستامین از بین داروهای مورد تایید FDA با استفاده از روش استفاده مجدد دارو به کار گرفته شد. شش دارو از بین داروهای مورد تایید FDA در این مطالعه معرفی شد. نتایج حاصل از این پایاننامه میتواند زمینه جدیدی جهت بررسی فعالیتهای بیولوژیکی داروهای منتخب با هدف توسعه عوامل موثر در اختلالات عصبی را فراهم آورد. |
| سیاستگذاران درمانی | عنوان خبر متن خبر |
| سیاستگذاران پژوهشی | عنوان خبر متن خبر |
| لینک (URL) مقاله انگلیسی مرتبط منتشر شده 1 |
