بررسی بیان ژن P38 و متیلاسیون پروموتور این ژن در نمونه های توموری و مارژین بیماران مبتلا به سرطان تیروئید
Evaluation of P38 gene expression and promoter methylation of this gene in tumor and marginal samples of Thyroid cancer patients.
مجریان: مرتضی رئیسی
خلاصه روش اجرا: از بین بیمارانی که با تشخیص قطعی سرطان تیرویید که به جراح مراجعه کرده اند، به جز بیمارانی که قبلا شیمی درمانی یا رادیوتراپی شده اند، 50 بیمار به صورت تصادفی انتخاب و از آنها نمونه بافت توموری و سالم حاشیه تومور اخذ می شود.جراح طبق پروتکل جراحی نمونه را از مغز تومور و حاشیه سالم تومور در اختیار ما قرار میدهد ازبافت توموری و سالم حاشیه تومور 50 فرد مبتلا به سرطان نمونه گیری به عمل می آیدتمامی مراحل تشخیصی و برداشت نمونه بطور روتین در کلینیک جراحی انجام می گیرد. منتهی برای حفظ اصول اخلاق پزشکی و احترام به حقوق بیماران برای تمامی افراد شرکت کننده در این مطالعه بطور کامل و واضح نوع مطالعه و شرایط درمان توضیح داده شده و رضایت نامه آگاهانه کتبی از ایشان دریافت خواهد شد.با توجه به اینکه نتایج این تحقیق در تشخیص و بیش آگهی بیماری مهم است وبه نفع بیماران است از کلیه بیماران رضایت نامه اگاهانه کتبی اخذ میشود. سپس از این نمونه ها با استفاده از کیت DNA استخراج شده و با استفاده از کیت مربوطه بی سولفیته می شود. پس از تکثیر DNA تیمار شده با بی سولفیت ، برای بررسی متیلاسیون ژنهای مورد نظر به صورت نیمه کمی از روش BISULFITE DIRECT SEQUENCING استفاده می شود. سپس اطلاعات بدست آمده از BISULFITE DIRECT SEQUENCING با استفاده از نرم افزارهای آماری مربوطه تجزیه و تحلیل خواهند شد. داده های بدست آمده از مطالعه با استفاده از روشهای آماری توصیفی ( فراوانی – درصد) و آزمون مجذور کای یا آزمون دقیق فیشر و با استفاده از نرم افزار آماری SPSS.16 مورد بررسی و تجزیه تحلیل آماری قرار خواهد گرفت. و برای مقایسه میانگین های بین دو گروه از t-test استفاهده خواهد شد در این مطالعه مقدارvalue P کمتر از 0.05 از لحاظ آماری معنی دار تلقی خواهد شد.مراحل تکنیک Bisulphite 1. آماده سازی DNA برای انجام آزمایشات: بافر لیز DNA را بهDNA استخراج شده اضافه کرده و بمدت 1 ساعت در دمای 37 درجه انکوبه میکنیم. 2. دناتوره کردن DNA: به ازای هر 20 میکرولیتر از DNA حاصل شده از مرحلهی قبلی، سود 3 مولار (NaOH 3M) اضافه کرده و مولاریتهی 0.3 را بدست میآوریم 3. دآمینه شدن توسط بیسولفیت: مطابق دستورالعمل کیت، به DNAی دناتوره شده، محلول مربوطه را اضافه میکنیم. طی این مرحله، سیتوزینهای غیرمتیله به یوراسیل تبدیل میشوند و سیتوزینهای متیله، بدون تغییر باقی میمانند. تکثیر محصول نهایی با PCR: برای تعیینو ارزیابی الگو و میزان متیلاسیون از روش BISULFITE DIRECT SEQUENCING استفاده میکنیم. همچنین در کنار DNA , از نمونه ها RNA نیز استخراج شده سپس با استفاده از کیت cDNA نمونه ها سنتز و با روش real time PCR میزان بیان ژنهای مورد نظر مورد ارزیابی قرار خواهد گرفت. *برای طراحی پرایمرها از نرمافزار Methyl primer express v1.0(محصول شرکت ABI) استفاده میکنیم
اطلاعات کلی طرح 
| مرحله جاری طرح | خاتمه قرارداد و اجرا |
| کد طرح | 66821 |
| عنوان فارسی طرح | بررسی بیان ژن P38 و متیلاسیون پروموتور این ژن در نمونه های توموری و مارژین بیماران مبتلا به سرطان تیروئید |
| عنوان لاتین طرح | Evaluation of P38 gene expression and promoter methylation of this gene in tumor and marginal samples of Thyroid cancer patients. |
| نوع طرح | طرح - پایان نامه |
| اولویت طرح | اپیدمیولوژی، پیشگیری، تشخیص زودهنگام، درمان و بازتوانی در سرطانهای شایع |
| نوع مطالعه | مطالعه مورد/شاهد ( Case - Control ) |
| تحقیق در نظام سلامت | بلی |
| آیا طرح پایاننامه دانشجویی است؟ | بله |
| مقطع پایان نامه | دکتری عمومی |
| مدت اجرا - ماه | 18 |
| نوآوری و ضرورت انجام تحقیق | شناخت مکانیسم های درگیر در سرطان |
| اهداف اختصاصی | مقایسه الگوی متیلاسیون پروموتر ژن P38 در نمونه های توموری و مارژین بیماران مبتلا به سرطان تیروئید -مقایسه الگوی بیان ژن P38 در نمونه های توموری و مارژین بیماران مبتلا به سرطان تیروئید |
| چکیده انگلیسی طرح | Of the patients with a definitive diagnosis of thyroid cancer who have referred to a surgeon, except for patients who have previously received chemotherapy or radiotherapy, 50 patients are randomly selected and a sample of healthy tumor tissue is taken from the tumor margin. The surgical protocol provides a sample of the tumor brain and the healthy margin of the tumor. The sampling and healthy tissue of the tumor margin of 50 people with cancer are sampled. All diagnostic and sampling steps are performed routinely in the surgical clinic. In order to maintain the principles of medical ethics and respect for patients' rights for all participants in this study, the type of study and treatment conditions will be fully and clearly explained and written informed consent will be received from them. Diagnosis and over-reporting of the disease is important and is in the best interest of the patients. Informed written consent is obtained from all patients. It is then extracted from these samples using a DNA kit and desulphurized using the relevant kit. After amplification of bisulfite-treated DNA, BISULFITE DIRECT SEQUENCING method is used to investigate the methylation of the desired genes in a semi-quantitative manner. Then the information obtained from BISULFITE DIRECT SEQUENCING will be analyzed using the relevant statistical software. The data obtained from the study will be analyzed using descriptive statistical methods (frequency - percentage) and chi-square test or Fisher's exact test and statistical software using SPSS.16 statistical analysis. In order to compare the means between the two groups, t-test will be used. In this study, a value of P less than 0.05 will be considered statistically significant. Bisulphite technique steps 1. Preparing DNA for experiments: Add DNA lysis buffer to the extracted DNA and incubate for 1 hour at 37 ° C. 2. Denaturation of DNA: For every 20 microliters of DNA obtained from the previous step, add 3 molar gain (3M NaOH) and obtain 0.3 molarity. 3. Biosulfite denaturation: According to the kit instructions, we add the relevant solution to the denatured DNA. During this stage, non-methylated cytosines are converted to uracil and methylated cytosines remain unchanged. Reproduction of the final product by PCR: We use the BISULFITE DIRECT SEQUENCING method to determine the pattern and the degree of methylation. In addition to DNA, RNA is extracted from the samples, then the samples are synthesized using a cDNA kit and the expression of the desired genes will be evaluated by real-time PCR. * To design primers, we use Methyl primer express v1.0 software (ABI product) |
| کلمات کلیدی | متیلاسیون : تغییرات اپی ژنتیکی که در ناحیه پروموتر ژن های گوناگون اتفاق می افتد و شامل قرار گرفتن گروه متیل روی سیتوزین های جزایر CpG می باشد؛ نقش مهمی در ایجاد سرطان ایفا می کند. MAPK: پروتئین کیناز فعال شده با میتوژن HRM MS : روشی مولکولی که به واسطه آن هر گونه تغییر در توالی DNA قابل شناسایی بوده و نیز توانایی بررسی متیلاسیون نمونه های مختلف را دارا است. |
| ذینفعان نتایج طرح | پزشکان معالج و بیناران مبتلا به سرطان تیروییذ |
اطلاعات مجری و همکاران
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح |
|---|---|
| مریم شاهدوست | دانشجوی مالک پایان نامه |
| داریوش شانه بندی | مشاور |
| میلاد اسدی | همکار اصلی |
| مرتضی رئیسی | استاد راهنمای اول (آموزشی ) |
| صغری برنه دلی | همکار اصلی |
| الهام پورساعی | همکار اصلی |
اطلاعات تفضیلی
| حوزه خبر | خبر |
|---|---|
| رسانه ها و مردم | عنوان خبر متن خبر |
| متخصصان و پژوهشگران | عنوان خبر کاهش متیلاسیون DNA منجر به افزایش تنظیم P38α می شود که باعث تومورزایی سرطان تیروئید می گردد.متن خبر سرطان تیروئیداز شایع ترین بدخیمی هادرسراسرجهان است.تغییرات ژنتیکی واپی ژنتیکی از علل اصلی تومور تیروئیداست که باعث فعال شدن انکوژن هاوغیرفعال شدن ژنهای سرکوبگرتومور می شود.این تحقیق با هدف بررسی ارتباط الگوهای متیلاسیون پروموتر با بیان P38α در بیماران ایرانی مبتلا به سرطان تیروئید انجام شد.40 نمونه تومور تیروئیدو 40 نمونه تیروئیدنرمال مجاور جمع آوری شد.الگوی متیلاسیون پروموتر ژن P38α با روش ذوب با وضوح بالا (MS-HRM) حساس به متیلاسیون بررسی شد.بیان mRNA ژن P38α با روش Real-Time PCR مورد بررسی قرار گرفت.اعتبار سنجی بیشتر نتایج به دست آمده توسط مجموعه داده های Cancer Genome Atlas (TCGA) انجام شد.نتایج بدست آمده نشان دادکه بیان ژنP38α (MAPK-14) در نمونه سرطان تیروئید به طور قابل توجهی بیشتر از نمونه حاشیه تومور است.همچنین متیلاسیون پروموتر ژن P38α در بافت حاشیه تیروئید در مقایسه با بافت تومور بطور معنی داری بیشتر بود.این نتایج علاوه بر این توسط تجزیه و تحلیل TCGA تایید شد.تجزیه وتحلیل منحنی مشخصه عملیاتی گیرنده(ROC) دقت بالایی دربیان ژن P38α به عنوان یک نشانگر زیستی تشخیصی برای بدخیمی تیروئید نشان داد.مطالعه ما نشان دادکه سطح بیان P38α باپاتوژنز سرطان تیروئید در جمعیت ایرانی ارتباط دارد. |
| سیاستگذاران درمانی | عنوان خبر متن خبر |
| سیاستگذاران پژوهشی | عنوان خبر متن خبر |
| لینک (URL) مقاله انگلیسی مرتبط منتشر شده 1 |
