فراوانی ژن های کد کننده توکسین های سیکلومودولین در ایزوله های اشریشیا کلی مرتبط با مخاط در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال و افراد غیر سرطانی
The frequency of cyclomodulin encoding genes in mucosa-associated Escherichia coli isolated from patients with colorectal cancer and non-cancer patients
مجریان: محمد آهنگرزاده رضایی , آلکا حسنی
خلاصه روش اجرا: در یک مطالعه توصیفی-تحلیلی از سال 1398 نمونه های بیوپسی بدست آمده از کلونوسکوپی بیماران مراجعه کننده به مراکز آموزشی درمانی علوم پزشکی تبریز به طور تصادفی انتخاب و وارد مطالعه میشوند. با توجه به حجم نمونه بکار رفته در مطالعات مشابه قبلی، حجم نمونه مورد نیاز برای مطالعه، 80 نمونه بیوپسی خواهد بود. همچنین نتایج بدست آمده از ارزیابی پاتولوژی نمونه های بیوپسی تأیید کننده سالم و یا سرطانی بودن بافت خواهد بود. بعد از شستشوی نمونه های بیوپسی، محلول به دست آمده از بافت های له شده، روی محیط بلاد آگار و مک کانکی آگار کشت داده می شود. باکتری های ایزوله شده بر اساس تست های میکروب شناسی بعنوان اشریشیا کلی تعیین هویت می شوند. طبقه بندی گروه های فیلوژنتیک ایزوله های اشریشیا کلی با استفاده از تکنیک Multiplex PCR صورت خواهد گرفت. بعد از الکتروفورز محصولات PCR، ایزوله ها بر اساس حضور یا عدم حضور ژن های yjaA, chuA و قطعه DNA, TSPE4.C2 در گروه های فیلوژنتیک قرار خواهند گرفت. به منظور ژنوتایپینگ ایزوله های اشریشیا کلی از روش ERIC- PCR استفاده می شود. آنالیز تصاویر حاصل از الکتروفورز ایزوله های مورد مطالعه به کمک نرم افزار GelCompar II صورت خواهد گرفت. برای شناسایی ژن های کد کننده توکسین های سیکلومودولین و سایر فاکتورهای ویرولانس از روش PCR استفاده می شود. به منظور ارزیابی توانایی ایزوله های اشریشیا کلی برای تشکیل بیوفیلم از روش میکروتیتر پلیت استفاده می شود. بعد از انجام مراحل مختلف آزمایش مطابق پروتکل در انتها OD چاهک های رنگ شده توسط دستگاه Elisa Reader در طول موج 570 نانومتر قرائت شده و ایزوله ها براساس توانایی تشکیل بیوفیلم در سه گروه ضعیف، متوسط و قوی قرار می گیرند. برای مشاهده تأثیر توکسین های سیکلومودولین بر فنوتیپ سلول های اپی تلیال، سلول های HeLa در محیط DMEM تکمیل شده با مواد مغذی و آنتی بیوتیک ها کشت داده می شود. تأثیر توکسین های CTD و CNF بر فنوتیپ رده سلولی HeLa با استفاده از cell-lysate-interacting test مشاهده می شود. همچنین تأثیر توکسین های colibactin و CIF بر فنوتیپ سلول های HeLa با استفاده از cell-bacterium-interacting test مورد بررسی قرار می گیرد.
اطلاعات کلی طرح 
| مرحله جاری طرح | خاتمه قرارداد و اجرا |
| کد طرح | 62957 |
| عنوان فارسی طرح | فراوانی ژن های کد کننده توکسین های سیکلومودولین در ایزوله های اشریشیا کلی مرتبط با مخاط در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال و افراد غیر سرطانی |
| عنوان لاتین طرح | The frequency of cyclomodulin encoding genes in mucosa-associated Escherichia coli isolated from patients with colorectal cancer and non-cancer patients |
| نوع طرح | طرح - پایان نامه |
| اولویت طرح | اپیدمیولوژی، پیشگیری، تشخیص زودهنگام، درمان و بازتوانی در سرطانهای شایع |
| نوع مطالعه | مطالعات علوم پایه (Experimental) |
| تحقیق در نظام سلامت | بلی |
| آیا طرح پایاننامه دانشجویی است؟ | بله |
| مقطع پایان نامه | دکتری تخصصی PhD |
| مدت اجرا - ماه | 24 |
| نوآوری و ضرورت انجام تحقیق | با جستجو در بانکهای اطلاعات پزشکی معتبر از جمله pubmed و ISC به نظر میرسد که در ایران مطالعه ای در زمینه ارتباط بین ایزوله های اشریشیا کلی مرتبط با مخاط و سرطان کولورکتال صورت نگرفته است. نتایج مطالعات اپیدومیولوژی نشان می دهد که بروز سرطان کولورکتال در ایران در حال افزایش میباشد و این بیماری بار اقتصادی و اجتماعی زیادی را بر جامعه تحمیل کرده است از طرفی میزان بروز مرگ و میر ناشی از این بیماری در بین سرطان های دیگر یکی از بالاترین ارقام را به خود اختصاص داده است. بنابراین شناخت خصوصیات سویه های اشریشیا کلی مرتبط با سرطان کولورکتال می تواند در پیشگیری از ابتلا و جلوگیری از پیشرفت بیماری مؤثر باشد. |
| اهداف اختصاصی | جداسازی و شناسایی ایزوله های اشریشیا کلی از نمونه های بیوپسی بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال و افراد غیر سرطانی -ژنوتایپینگ ایزوله های اشریشیا کلی با استفاده از روشPCR-ERIC -تعیین گروه فیلوژنتیک ایزوله های اشریشیا کلی با استفاده از روش Multiplex PCR - شناسایی ژن های کد کننده توکسین های سیکلومودولین و سایر فاکتورهای ویرولانس در ایزوله های اشریشیا کلی با استفاده از روش PCR -ارزیابی توانایی ایزوله های اشریشیا کلی برای تشکیل بیوفیلم به روش میکروتیتر پلیت -مشاهده تأثیر توکسین های سیکلومودولین بر فنوتیپ رده سلولی HeLa با استفاده از تست های cell-lysate-interacting و cell-bacterium-interacting |
| چکیده انگلیسی طرح | In a descriptive-analytical study from 2019, biopsy samples obtained from colonoscopy of patients referred to Tabriz Medical Sciences Educational and Medical Centers will be randomly selected and included in the study. Considering the sample size used in previous similar studies, the sample size required for the study will be 80 biopsy samples. Also, the results obtained from the pathological evaluation of the biopsy samples will confirm whether the tissue is healthy or cancerous. After washing the biopsy samples, the solution obtained from the crushed tissues is cultured on blood agar and MacConkey agar. The isolated bacteria will be identified as Escherichia coli based on microbiological tests. The phylogenetic group classification of Escherichia coli isolates will be performed using the Multiplex PCR technique. After electrophoresis of the PCR products, the isolates will be placed in phylogenetic groups based on the presence or absence of the yjaA, chuA genes and the DNA fragment, TSPE4.C2. ERIC-PCR method is used for genotyping of Escherichia coli isolates. Analysis of images obtained from electrophoresis of the studied isolates will be performed using GelCompar II software. PCR method is used to identify genes encoding cyclomodulin toxins and other virulence factors. Microtiter plate method is used to evaluate the ability of Escherichia coli isolates to form biofilm. After performing the various stages of the experiment according to the protocol, the OD of the stained wells is read by Elisa Reader at a wavelength of 570 nm and the isolates are placed in three groups based on their ability to form biofilm in weak, medium and strong groups. To observe the effect of cyclomodulin toxins on the phenotype of epithelial cells, HeLa cells are cultured in DMEM medium supplemented with nutrients and antibiotics. The effect of CTD and CNF toxins on the phenotype of HeLa cell line is observed using cell-lysate-interacting test. The effect of colibactin and CIF toxins on the phenotype of HeLa cells is also investigated using the cell-bacterium-interacting test. |
| کلمات کلیدی | PCR: (Polymerase chain reaction) واکنش زنجیره پلیمراز، روشی که به وسیله آن بخشی از ژن تکثیر میشود. بیماری التهابی مزمن روده (Inflammatory bowel disease) :IBD دانسیته نوری،به مقدار نور جذب شده توسط محلول گفته می شود. (Optimal density): OD |
| ذینفعان نتایج طرح | بیماران مبتلا به سرطان کلورکتال و افرادی در خطر ابتلا به این بیماری قرار دارند. |
اطلاعات مجری و همکاران
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح |
|---|---|
| محمد آهنگرزاده رضایی | استاد راهنمای اول (آموزشی ) |
| آلکا حسنی | استاد راهنما دوم (آموزشی ) |
| کوروش مسندی شیرازی | مشاور |
| محمدرضا علی وند | مشاور |
| رقیه نوری | دانشجوی مالک پایان نامه |
| بیتا سپهری | مشاور |
| فیروزه صفاییان | همکار اصلی |
اطلاعات تفضیلی
| حوزه خبر | خبر |
|---|---|
| رسانه ها و مردم | عنوان خبر اشریشیا کلی مرتبط با مخاط ممکن است در پیشرفت سرطان کولورکتال نقش داشته باشدمتن خبر نتایج مطالعات اپیدمیولوژیک نشان میدهد که میزان ابتلا به سرطان کولورکتال در ایران در حال افزایش میباشد به طوریکه این سرطان، سومین سرطان شایع در مردان و چهارمین سرطان شایع در زنان ایرانی میباشد. بنابراین با توجه به روند صعودی میزان مرگ و میر ناشی از سرطان کولورکتال، اجرای برنامه¬های پیشگیری از ابتلا به آن ضروری میباشد. نتایج مطالعات اخیر به وضوح نشان داده است که بین حضور اشریشیا کلی مرتبط با مخاط و سرطان کولورکتال ارتباط وجود دارد. نتایج مطالعه نشان داد که فراوانی ایزولههای اشریشیا کلی مرتبط با مخاط در نمونه¬های بیماران سرطانی بیشتر بود. همچنین اشریشیا کلی جدا شده از نمونه¬¬های مخاطی افراد مبتلا به سرطان کلورکتال خصوصیات بیماریزایی بیشتری داشتند. در نهایت شناخت خصوصیات سویههای اشریشیا کلی مرتبط با سرطان کولورکتال میتواند در پیشگیری از ابتلا و جلوگیری از پیشرفت بیماری مؤثر باشد. |
| متخصصان و پژوهشگران | عنوان خبر سویه¬های خاصی از اشریشیا کلی با فراوانی زیاد در مخاط بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال کلونیزه میشود.متن خبر در این مطالعه فراوانی و خصوصیات ایزوله¬های اشریشیا کلی مرتبط با مخاط در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال و افراد غیر سرطانی بررسی شد. تعداد 96 بیمار مراجعه کننده به مراکز آموزشی درمانی شهر تبریز (48 بیمار مبتلا به سرطان کولورکتال و 48 فرد غیر سرطانی) در مدت 15 ماه وارد مطالعه شدند. در بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال فراوانی ایزولههای اشریشیا کلی مرتبط با مخاط بیشتر بود. گروه فیلوژنتیک A در نمونههای گروه کنترل غالب بود در حالیکه بیشتر سویههای مربوط به بیماران سرطانی متعلق به گروههای D و B2 بودند. فراوانی ژنهای کد کننده توکسینهای سیکلومودولین و همچنین سایر فاکتورهای ویرولانس در سویههای بیماران سرطانی نسبت به سویههای گروه کنترل بیشتر بود. حدود 38% از سویههای بدست آمده از نمونههای بیوپسی افراد سرطانی و حدود 17% از سویههای گروه کنترل قادر به تشکیل بیوفیلم بودند نتیجه مطالعه حاضر نشان داد که اشریشیا کلی مرتبط با مخاط بویژه سویههای مولد توکسین سیکلومودولین متعلق به گروههای فیلوژنتیک D و B2 که دارای توانایی تولید بیوفیلم هستند در مخاط بیماران مبتلا به سرطان کولورکتال کلونیزه میشوند و ممکن است بین این سویه¬ها و سرطان کلورکتال ارتباطی وجود داشته باشد. |
| سیاستگذاران درمانی | عنوان خبر متن خبر |
| سیاستگذاران پژوهشی | عنوان خبر متن خبر |
| لینک (URL) مقاله انگلیسی مرتبط منتشر شده 1 |
