بررسی همپوشانی الگوی جهش های تاثیر گذار و نواحی ایمونوژن در پروتئین های مرتبط با سرطان های دستگاه گوارش با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی
Studying the coverage of mutated and immunogen regions in gasteric cancer related proteins, using bioinformatic tools
مجریان: حمیدرضا حیدری سورشجانی , ام لیلا مولوی
خلاصه روش اجرا: از آنجا که مطالعات انجام یافته توسط محققین مختلف در حوزه ی سرطان بخصوص سرطان های دستگاه گوارشی نشان می دهد که برخی از ژن ها مانند P53 وEGFR و... در این نوع از سرطان دچار موتاسیون شده اند .در ابتدا با استفاده از پایگاه های بیوانفورماتیکی سرطان اقدام به یافتن ژن های تاثیر گذار در ایجاد این سرطان ها می نماییم. در ادامه تفاوت های ساختاری و بیانی این ژن ها را با ژن های مربوطه در سلول های نرمال بررسی می کنیم. به صورت موازی توسط سرور های SYFPEITHI و IEBD و ...نواحی آنتی ژنی مورد شناسایی T cellها را در ژن های ایجاد کننده ی سرطان را مورد بررسی قرار می دهیم. همپوشانی توالی اسید آمینه ی نواحی شناسایی T cell و نواحی دچار موتاسیون جهت طراحی واکسن پیشنهاد خواهد گردید.
اطلاعات کلی طرح 
| مرحله جاری طرح | خاتمه قرارداد و اجرا در دانشکده/مرکز |
| کد طرح | 61177 |
| عنوان فارسی طرح | بررسی همپوشانی الگوی جهش های تاثیر گذار و نواحی ایمونوژن در پروتئین های مرتبط با سرطان های دستگاه گوارش با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی |
| عنوان لاتین طرح | Studying the coverage of mutated and immunogen regions in gasteric cancer related proteins, using bioinformatic tools |
| نوع طرح | طرح - پایان نامه |
| اولویت طرح | تولید آنتی بادیهای منوکلونال و پروتئینهای نوترکیب (جنبههای تولیدی و پروتکل درمانی) و واکسن |
| نوع مطالعه | مطالعه برای ساخت دارو یا وسائل |
| تحقیق در نظام سلامت | بلی |
| آیا طرح پایاننامه دانشجویی است؟ | بله |
| مقطع پایان نامه | دکتری عمومی |
| مدت اجرا - ماه | 12 |
| نوآوری و ضرورت انجام تحقیق | با توجه به اهمیت سرطان های دستگاه گوارش و آمار بالای مبتلایان و عوارض شیمی درمانی در این مطالعه سعی خواهد شد با توجه به ژن های دخیل در دیتابیس های بیوانفورماتیکی، پپتید های موثر در طراحی واکسن درمانی سرطان های گوارشی مورد بررسی قرار بگیرد. |
| اهداف اختصاصی | شناسایی و بررسی وجود جهش های اختصاصی سرطان و neo antigens در پروتئین های مرتبط با ایجاد سرطان های گوارش-بررسی نواحی بالقوه ی آنتی ژنیک در پروتئین های مرتبط با ایجاد سرطان های گوارش- بررسی همپوشانی موتاسیون ها و نواحی بالقوه ی آنتی ژنیک در پروتئین های مرتبط با ایجاد سرطان های گوارش |
| چکیده انگلیسی طرح | Since studies conducted by various researchers in the field of cancer, especially gastrointestinal cancers, show that some genes such as P53 and EGFR, etc., are mutated in this type of cancer. First, we use cancer bioinformatics databases to find genes that are effective in causing these cancers. Next, we examine the structural and expression differences of these genes with the corresponding genes in normal cells. In parallel, we examine the antigenic regions recognized by T cells in cancer-causing genes using the SYFPEITHI and IEBD servers, etc. The overlap of the amino acid sequence of the T cell recognition regions and the mutated regions will be proposed for vaccine design. |
| کلمات کلیدی | The major histocompatibility compleX):MHC):مجموعه سازگاری بافتی نسجی Estimated Glomerular Filtration Rate):EGFR):فاکتور رشد اپیدرمال Immune epitope database and analysis resource):IEBD):یک منبع دیتابیس برای آنالیز اپی توپ |
| ذینفعان نتایج طرح |
اطلاعات مجری و همکاران
| نام و نامخانوادگی | سمت در طرح |
|---|---|
| شهلا یامی | دانشجوی مالک پایان نامه |
| حمیدرضا حیدری سورشجانی | استاد راهنمای اول (آموزشی ) |
| ام لیلا مولوی | استاد راهنما دوم (آموزشی ) |
اطلاعات تفضیلی
| حوزه خبر | خبر |
|---|---|
| رسانه ها و مردم | عنوان خبر فقط تعداد محدودی از تغییرات ژنتیکی ایجاد شده در سرطانهای دستگاه گوارش قابلیت تبدیل شدن به واکسن را دارندمتن خبر بر اساس مطالعات انجام شده بر روی تغییرات ژنتیکی مرتبط با ایجاد سرطانهای روده، معده و مری؛ فقط تعداد محدودی از آنها توسط سیستم ایمنی قابلیت شناسایی را دارا می باشند. با توجه به تنوع بسیار زیاد تغییرات ژنتیکی مرتبط با ایجاد سرطان بخصوص سرطان های دستگاه گوارش، پیشگیری از ابتلا به سرطان با رعایت رژیم غذایی مناسب، ارتقاء سلامت جسمی و روانی، و غربالگری های منظم بخصوص در افراد مستعد با سابقه بیماری خانوادگی توصیه می گردد. |
| متخصصان و پژوهشگران | عنوان خبر فقط تعداد محدودی از موتاسیون های مرتبط با دستگاه گوارش قابلیت استفاده در درمانهای شخصی سازی شده را دارا می باشند.متن خبر براساس مطالعات بیوانفورماتیکی و ایمونوانفورماتیکی انجام یافته بر روی موتاسیون های پاتوژنیک معرفی شده در پایگاه داده clinvar, NCBI از میان 546 موتاسیون پاتوژنتیک در 42 ژن مرتبط با ایجاد سرطانهای کولورکتال، معده و مری فقط 30 نئوآنتی ژن با قابلیت طراحی واکسن شناسایی گردید. بنابراین فقط در تعداد محدودی از موتاسیون ها امکان طراحی واکسن های ضد سرطانی شخصی سازی شده بر پایه نئوآنتی ژن ها وجود دارد. لذا با توجه به نتایج حاصل طراحی واکسن های ضد سرطان بر پایه tumor associated antigens در مقایسه با واکسن های مبتنی بر neoantigens توصیه می گردد. |
| سیاستگذاران درمانی | عنوان خبر متن خبر |
| سیاستگذاران پژوهشی | عنوان خبر متن خبر |
| لینک (URL) مقاله انگلیسی مرتبط منتشر شده 1 |
